Fitting of block models 100pM
Modelle mit Stochastizitaet in isolierten Bloecken werden an den 100pM-Datensatz gefittet. Dafuer wird die Kostenfunktion (v3) minimiert.
Ausgehend vom deterministischen Modell werden hierbei zunaechst alle sigma gekoppelt und fuer verschiedene diskrete Werte Pfade berechnet und die Kostenfunktion ausgewertet (siehe block_analysis). Das liefert einen initial guess der verschiedenen sigma.
Anschliessend wird mit fmincon die Kostenfunktion lokal minimiert bezueglich
- der zum stochastischen Block gehoerigen sigma
- der zum stochastischen Block gehoerigen Startwerte der Parameter
- der vier sensitivsten Parameter des determinstischen Modells (k_Dephos, index_trimer_dephos, S4_total, alterPassiveDeg)
Im Block internalize mit 3 stochastischen Parametern ergeben sich somit zum Beispiel also 10 Freiheitsgrade.
Es gibt die 5 Bloecke
- internalize
- degradation
- endosomal traffic
- receptor-ligand
- synthesis